InDesign 2.0 以降には、PDF 1.4（ネイティブ透明機能）および PDF 1.5（レイヤー）を出力する機能があり、これらのファイルは Prinergy で正しく処理できます。
- ネイティブ透明機能は品質が向上しており、ファイル サイズが小さいため便利です。 ［PDF のエクスポート］ダイアログ ボックスでネイティブ透明機能を有効にするには、互換性：Acrobat 5（PDF 1.4）を選択します。 代わりに、［PDF のエクスポート］ダイアログの標準ドロップダウン リストからPDF/X-4を選択して、Prinergy で使用できる PDF ファイルを作成することもできます。 ダイアログ ボックスの他のパネルをチェックして、その他の設定がお使いの環境に対して適切であることを確認してください。
- レイヤーは、レイヤー PDF バージョニング ジョブで使用するファイルを準備する場合にのみ有用です。［PDF の書き出し］ダイアログ ボックスでレイヤーを有効にするには、互換性：Acrobat 6（PDF 1.5）を選択して、Create Acrobat Layersチェックボックスをオンにします。
これらの設定はプリセットとして InDesign に保存できます。詳細については、InDesign のオンライン ヘルプを参照してください。
透明機能の詳細については、PDF 1.4 透明度についてを参照してください。